由于《明史》的特别记述，乾隆年后的阮大铖籍贯争议不断，引发了桐城(今枞阳)、怀宁之说。《明史》中关于阮大铖的籍贯定论见于《明史·列传第一百九十六》： “马士英，贵阳人，万历四十四年与怀宁阮大铖同中会试”。《明史》为钦定正史，其“怀宁阮大铖”一说，后世文史基本沿袭，当代学人亦竞相引用，使阮大铖原本不太复杂的籍贯问题，人为复杂化。今天再恢复本来面目，反而困难重重。

　　阮大铖本于明万历15年丁亥(1587年)，出生于桐城县之山。清康熙《怀宁县志》卷25《文学志》载:“阮大铖，字集之，号石巢，峰公之曾孙也。万历癸卯年十七，举于乡。”万历癸卯年，即公元1603年。在清康熙十二年版《桐城县志·选举》中，则明确记载阮大铖为本县丙辰科进士。此丙辰为万历44年(1616年)。据以上两家地方志的相关记述，阮大铖出生时间，均为明万历15年丁亥，即公元1587年。

　　除上述地方史志的记述，钱秉镫《皖髯事实》中，亦言阮大铖“我虽年六十，能骑生马，挽强弓，铁铮铮汉子也”。阮大械《咏怀堂诗集》卷四《乙亥元旦雨中试笔》中，有“墉知四十九年非”之说。这些散见之句，同样可推算出阮大铖出生于公元1587年。

　　阮大铖更具体一点的出生时间，可依据相关文史资料进一步推论。崇祯七年，桐城黄文鼎、汪国华作乱，攻占了桐城县城。黄、汪民变的平息，恰居乡里的阮大铖、方孔炤发挥重要作用。这场民变，实由阮大铖上下奔走联络军方，方孔炤深入虎穴与黄、汪周旋，最后由“兵备道王公弼率参将潘可大”予以剿灭。

　　关于这场民变的平定，由于阮大铖功在其中，故其曾作《石言十二首》(见《咏怀堂诗集》卷四)专事记叙，且每首诗前，都留有小序。第九首小序言“风雨舟行诣军府陈贼状，不自知其初度也”，说明参与平乱期间，正值阮大铖生日前后。清康熙《安庆府志》卷六“兵氛”载:“崇祯七年甲戌秋八月二十三日，桐城土贼王文鼎(清康熙《安庆府桐城县志》作“黄文鼎”)、汪国华等窃发，城遂溃……闰八月初三日兵备道王公弼率参将潘可大讨之，次于练潭镇”。阮大铖诣军府求救为八月，可知其初度即生日当在八月。

　　综上所述，阮大铖的出生时间，是为公元1587年8月。

　　阮大铖籍贯之谜，见于下节其家世的考证。