吴汝纶博学多才，一生著作等身，影响深远。为文力追雄奇瑰伟之境，为诗则以杜、韩为宗，笔力矫健，具阳刚之气，兼有时代气息。经他诠释的经书有:《易说》两卷，《吴氏写本尚书》一卷，《尚书故》三卷，《夏小正私笺》一卷;点校的史书有:《国语》《国策》《史记》《汉书》《三国志》《新五代史》《资治通鉴》等;著有《吴挚甫文集》四卷、《诗集》一卷、《吴挚甫尺牍》七卷、《深州风土记》二十二卷、《东游丛录》四卷。后将著作与点勘诸书，合刊为《桐城吴先生全书》，之后陆续有《桐城吴先生日记》《尺牍续编》《吴挚甫先生函稿》《李文忠公事略》《桐城吴先生遗书》及点勘古籍多种皆行于世。殁后一年，其子吴闿生编次《桐城吴先生全书》付刊，内含文集、诗集、尺牍及说经著作等6种。另有编定未刻及未编定者多种，后来陆续有《桐城吴先生日记》《尺牍续编》《挚甫诗集》及点勘古籍多种行世。