《通雅》共五十五卷，作者用三年时间完成了初稿，其后不断增补修订，至康熙五年才付梓，前后共计三十年，是作者的心血之作。

　　全书共分疑始、释诂、天文、地舆、身体、称谓、姓名、官制、事制、礼仪、乐曲、乐舞、乐器、器用、衣服、官室、饮食、算数、植物、动物、金石、谚原、切韵声原、脉考、古方解答等四十四门。对举凡天地人身之故，辄通考旁征而会通之。

　　在《自序》中作者表明:"此书非类书"。"函雅故，通古今，此鼓箧之必有事也。"……今以经史为概，遍览所及，辄为要删，古今聚讼，为征考而决之，期于通达，……名日《通雅》。"

　　这部书包括了天文、地理、算学医学等"志艺"之学，记录和总结了我国劳动人民许多先进的生产技术和经验。介绍了当时传入国内的一些西方科学知识，并批判地加以吸收总结，广征博引，成为当时科学，学术成果的总汇集。在书中也比较集中地反映了方以智的"质测之学"。

　　方以智重视实学，提出了自然科学与哲学联盟的"质测通几"的新理论，并且在这个理论指导下进行了艰苦的学术实践。

　　质测之学研究的是源远流长、无所不包的客观物质世界。研究范围是鉴定性质，品评优劣，把握规律。"通几"则是研究天地万物动静分合变换的致理，也就是揭示事物之所发生变化的固有的因果联系。

　　方以智认为，古今中外的学问知识，任其纷繁复杂，都可以根据事物的规律加以分类。他在《通雅·文章薪火》中说:"有专言德行者，专言经济者，专言文章者，专言技艺者，专言权势者，专言兵符者，专言法纪者，专训诂者，专记事者，专寓喻者，统而言之，无非道也，无非性命也，有专言性命之道者，离事离法以明心，而举其曷统者也。因有专言生死鬼神者，因有废世以专言仙定者，因有专言养生者，因分忘世之言、出世之言，因有别传善巧者奇兵者，要不出于质论、通论。考测天地之家，象数、律历、声音、医药之说，皆质之通者也。专言治教，则宰理也。专言通几，则所以为物之质理也。皆以通其质者也。"

　　意思是说:德行、经济、文章、技艺、权势、兵符、法纪、训诂、记事、寓喻等专科都可通称为天人性命之学，及至于专门讲天人性命之道、生死鬼神、仙定、养生、忘世、出世以及别传善巧，都不外乎质测和通几两类。

　　他对于那些死守伦理，不务实学的儒者颇不以为然，指出:"世所为儒者，多有二病，穷理而不博，闻道而不为善。……守苦难，以尊礼法，与好作诡异以超礼法者，皆好名之徒，桎梏其至性为之者也"。"汉儒解经，类多臆说:宋儒惟守宰理，至于考索物理时制，不达其实，半依前人。"从学术角度批评了"儒者"的好名疏陋。认为西方的质测之学尽管还不完备，但却较之通几之学详细。并以此为基础建立了他的实学体系。

　　方以智还认为，对前人的知识不能无批判的继承，必须"善疑"。要善于从别人不注意的地方发现问题。对前人积累下来的知识，"不可不识，不可不疑"他说:"吾与方伎游，即欲通其艺也，遇物欲知其名也。物理无可疑者，吾疑之，而必欲深求其故也"。

　　在质测通几的指导下，他博采众家之长，考寻变化之源，殚精竭虑，集三十年心血，考证名物象数，训诂声音，完成了开一代实学新风的巨著《通雅》在名物训诂，文字学，者韵学等小学方面，方以智提出了"考世变之言，通古今之诂"的思想。他说:"愚历考古今音义，可知乡谈随世变而改矣。不考世变之言，岂能通古今之诂而是证名物乎?""非考古不能诉源，非博洽旁通不能知古。""固当旁采诸家之辨难，则上自金石钟鼎，石经碑贴，以至印章款识，皆当究心者。"

　　他还提出了"事属一字，字各一义，如远西因事乃合音，因音而成字，不重不共"，"使万世奉同文之化，是所望也"，改革汉字，使汉字拼音化的思想。在三百多年前，能有这样的认识和想法，在当时是卓然独立的。

　　《通雅》以其博大精深，不仅记录总结了当时的科学文化知识，而且反映了作者唯物主义世界观，其考据精核的学风和研究方法，还影响了清代的许多学人，开创了一代学术新风。